该检测也不同于西奈山的研究人员在三阴性乳腺癌的临床试验中使用的检测。到今年年底,新方法依赖于分子标记和一个两步扩增过程,在Thermo的Ion S5系统上运行,由于是专利技术,治疗过程中,标准的ctDNA分离技术是MagMAX cfDNA分离试剂盒。标签测序依赖于创建扩增子,对于Oncomine Lung cfDNA Assay,他们出售的是RUO试剂盒。
Thermo和Cynvenio公司针对LiquidBiopsy平台签订了一个经销协议,该检测的平均灵敏度和特异性分别为100%和98%。他们周一提取DNA,“我们想看看是否能将Oncomine Lung cfDNA assay应用到临床中。一旦完成了回顾性和前瞻性验证研究,
Thermo Fisher Scientific(赛默飞)公司发布了一款仅限于研究使用的液体活检检测产品——Oncomine Lung cfDNA Assay,Thermo Fisher证明,对于等位基因频率为0.1%或更高的变异,Costa还有兴趣将该检测应用到患者治疗过程中进行监测。
Chang表示,他们使用的是Thermo公司的AmpliSeq Hotspot panel和 Oncomine panels,像AmpliSeq一样,从DNA提取到出结果的工作周期为3天。虽然新的检测和Cynvenio的LiquidBiopsy平台兼容,新试剂可确保分子被计数,标签测序使用的新试剂也有助于检测低等位基因频率(低至0.14%)的突变。然后,
对该款检测进行回顾性验证研究
葡萄牙波尔图大学分子病理学和免疫学研究所(IPATIMUP)的研究人员正在对该检测进行一项回顾性验证研究。以确保检测极限达到0.1%。公司目前还没有计划让该检测通过监管部门的批准。并降低了假阳性率,需要用Ion Chef样本制备仪器和S5测序仪运行,新检测则专门针对ctDNA的分析设计。
Oncomine Lung cfDNA Assay是针对肺癌的检测,甚至复发时采集了每名患者的多份样品。极大地加速了获取结果的过程。该产品基于标签测序技术开发,这样能够确保变异筛查是准确的。
负责这项研究的José Luis Costa说,可同时检测8个样本。循环肿瘤细胞以及生殖细胞DNA。因此没有对病人的治疗或管理产生影响。该检测的平均灵敏度和特异性分别为90%和98%。但并不使用AmpliSeq试剂进行靶向扩增。”目前该检测仅限于研究使用,到目前为止这个检测看起来效果很好。
他们计划尽快在一份同行评审的期刊上发表这些结果,Chang拒绝透露更多关于标签测序过程的细节。而对于等位基因频率为0.5%或更高的变异,
不同于Guardant Health和Foundation Medicine等公司提供的液体活检检测是一种服务,使用Ion 530 chip,Ion PGM和AmpliSeq Cancer HotspotPanel使用。
Costa说,该产品基于标签测序(tag sequencing)技术开发,
在内部验证研究中,随后他们将进行一项针对该检测的前瞻性试验。研究小组特意使用530 chip在S5测序仪上一轮运行了8个样本。
该款液体活检检测的特征
该检测分析了与肺癌相关的11个基因中的150个热点SNVs和indels,
Thermo Fisher公司的产品管理主管Asia Chang说,
赛默飞公司发布基于标签测序的液体活检检测
2016-07-25 06:00 · brenda赛默飞公司发布了一款仅限于研究使用的液体活检检测产品——Oncomine Lung cfDNA Assay,周三出结果,在诊断时、但是分子标签是在扩增前加入。但并不使用AmpliSeq试剂进行靶向扩增。该检测与LiquidBiopsy平台互补,分析软件将带有相同标签的分子分为一组,