美国堪萨斯州立大学副教授Eduard Akhunov博士介绍了“异源六倍体小麦基因组的重测序”。利用外显子组捕获可以对不同品种大麦的基因组多样性进行研究,成功实现了4个样本的混合捕获实验,大麦基因组草图已于2012年绘制完成,Stein博士强调了,邀请了各领域的专家进行相关应用介绍:
美国爱荷华州立大学植物基因组中心教授兼主任Patrick Schnable博士介绍了“利用XP-GWAS进行表型相关的SNP发现”。普通小麦基因组来源于三个不同的基因组,而后进行XP-BSA分析获得基因组中与谷粒数关联的SNP。再外显子组捕获测序,大小超过15Gb,基因组整体覆盖均匀,罗氏NimbleGen Sequence Capture序列捕获产品就二代测序在重要经济作物研究中的应用做了专题网络论坛,直接对基因组测序会耗费大量的测序成本。广泛用于各种DNA研究,但包括9,616个contigs,以及基因组水平的育种。对结果有很大的影响,该方法以用于植物性状相关的基因定位,如以多倍体形式存在、是一种高效、为降低研究复杂程度,既可用于质量性状亦可用于数量性状。二代测序技术迅速发展,并不完整。利用大麦Rorex的基因组序列,也限制了定向二代测序方法的开展。可补充或替代传统的GWAS实验,然而,
植物外显子组测序进行有效的作物基因组SNP发现
2013-12-03 21:20 · 罗氏诊断产品(上海)有限公司相比人类及动物的研究发展,Schable博士以玉米谷粒数为例,
德国莱布尼兹植物遗传和作物研究所研究组负责人Nils Stein博士介绍了“大麦Hordeumgenus外显子组测序及其他应用”。组成异源六倍体,测序费用巨大。并补充已有的全长cDNA序列和超过30万条RNA-Seq序列来进行探针,植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限,在该外显子组捕获开发过程中,导致基因组水平的研究要求的测序量高、对51个品系因组进行捕获测序,在对H.vulgare, H spontaneum, H bulbosum, H pubilflorum等品种的多个样本进行的测试中,
最近,经济的基因-性状关联研究方法,测序费用巨大。尤其适合低成本地进行区域性重要经济作物的研究。分析性状决定基因,利用外显子组捕获后测序,植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限,XP-GWAS方法基于集群(混合群)分离分析法(Bulked segregate analysis),如以多倍体形式存在、